Министерство магии представляет собой невыборный орган управления, в компетенции которого находится Магическое Сообщество. Во главе Министерства находится министр магии, обладающий исполнительной, законодательной и судебной властью. 

Министр магии представляется каждому новому премьер-министру магглов (или другому главе государства), периодически посещает его и информирует о событиях Магического Сообщества, которые в той или иной степени могут затронуть мир магглов. Министерство магии поддерживает связь с британским премьер-министром через портрет в его кабинете, на котором изображённый человечек информирует премьер-министра о прибытии министра магии. Этот портрет не может быть снят со стены.

Министерство магии состоит из главных отделов и множества подразделений, занимающихся различными аспектами волшебного мира. Связь между отделами осуществляется с помощью бумажных самолётиков — служебных записок на сиреневой бумаге, направляющихся в нужный отдел. Ранее для этих целей в Министерстве использовались совы.

В структуре управления Министерства отсутствует чёткое разделение властей, что необычно для большинства демократических государств. Законодательная власть осуществляется Законодательным Собранием, в которое входят: Министр Магии и его заместители, Комитет Международного бюро магического законодательства, а также полный состав Визенгамота. Исполнительную власть представляет само Министерство.

Что касается судебной системы, то она весьма подвержена всяческому влиянию и имеет крайне нестабильную структуру. Магические судебные органы проявляют заметное отсутствие интереса в наличии улик, подтверждающих вину или невиновность подозреваемого, и часто основываются на личных предубеждениях в вынесении приговора (в частности стремятся рассмотреть слушание как можно скорее). Были времена, когда некоторых преступников приговаривали к тюремному заключению даже без судебного разбирательства. 
Об административном управлении в других государствах известно немного.

Начать работать в Министерстве может волшебник, получивший полное магическое образование. Также известно, что карьера министерского служащего может начаться с прохождения студентом школы летней стажировки в Министерстве, хотя это, скорее всего, является исключением из правил.

Министра Магии назначает Визенгамот по представлению собрания глав отделов. Министром может стать сотрудник Министерства, занимающий одну из руководящих должностей. Чаще всего Министрами Магии становятся сотрудники Отдела ОМП.

Ниже министра по рангу находятся несколько его заместителей, а также главы различных отделов Министерства. Руководящие чиновники обладают определённой степенью власти, однако она ограничивается властью действующего министра. Можно выделить следующие руководящие посты:
- Старший заместитель министра 
- Младший заместитель министра
- Главы отделов

Структура Министерства Магии

Министерство находится в Лондоне, точный адрес, однако, не распространяется. Сотрудники Министерства магии могут попасть на работу двумя способами — путём трансгрессии, либо по Сети летучего пороха. 
Для посетителей Министерства существует отдельный вход, расположенный на безлюдной улице с обветшавшими домами и парой заброшенных офисных зданий. Такое место было выбрано специально для соблюдения секретности. Вход для гостей — нерабочая телефонная будка. Посетитель должен зайти в будку и набрать номер 62442 (клавиши, соответствующие буквам m, a, g, i, c), затем представиться и указать цель прибытия. Ему будет выдан специальный значок, после чего пол будки опустится вниз и гость попадет в главный зал Министерства — Атриум. Затем посетитель должен пройти пост охраны в конце зала, где охранник проверит его с помощью специального прибора в виде длинного золотого прута. Волшебная палочка посетителя проверяется с помощью другого прибора, похожего на весы, который выдаёт сведения о том, из чего палочка сделана и как долго она используется. После этого гость может пройти через золотые ворота в зал с лифтами и отправиться на нужный ему уровень. Всего в Министерстве десять уровней, между которыми циркулирует около двадцати лифтов. Причём, чем выше номер уровня, тем глубже под землёй он находится.

Уровень 1. Министр магии и вспомогательный персонал
На этом этаже расположены кабинеты министра магии, а также его заместителей и других руководящих чиновников.

Уровень 2. Отдел журналистики
На этом этаже расположены редакции газет и книг.

Уровень 3. Отдел обеспечения магического правопорядка
Возможно, самое главное из всех подразделений Министерства, представляет собой объединение полиции и органов правосудия. 
Отдел обеспечения магического правопорядка включает в себя следующие подразделения:
1. Штаб-квартира мракоборцев (Аврорат): подразделение Отдела обеспечения магического правопорядка Министерства Магии. Представляет собой штаб-квартиру мракоборцев — волшебников, занимающихся борьбой с тёмными магами. Расположено на 2 уровне здания Министерства Магии.
2. Группа обеспечения магического правопорядка: подразделение, занимающееся выявлением случаев нарушения закона.
3. Сектор выявления и конфискации поддельных защитных заклинаний и оберегов.
4. Сектор борьбы с незаконным использованием изобретений маглов: в обязанности сотрудников данного сектора входит регулирование применения магии к предметам, созданным маглами, а также выявление таких предметов. Это подразделение расположено в крохотном кабинете без окон.
5. Сектор борьбы с неправомерным использованием магии: устанавливает наказание волшебникам за неуместное использование магии, за колдовство в неподходящее время или с нарушением магических законов. Это подразделение отвечает за расследование нарушений Декрета о разумном ограничении волшебства несовершеннолетних и Статута о секретности Международной конфедерации магов. Декрет регламентирует использование магии несовершеннолетними волшебниками и колдуньями, в то время как Статут о секретности запрещает волшебникам использовать магию в присутствии маглов или в маглонаселённых районах. Как только в Отдел поступает информация о нарушении Декрета, нарушителю поступает сообщение, в котором сообщается, какие меры будут предприняты Отделом. Как правило, волшебника, замеченного в нарушении первый раз, отпускают с предупреждением, в то время как в чрезвычайных ситуациях Сектор борьбы с неправомерным использованием магии предпринимает более серьёзные меры наказания. 
Сектор борьбы с неправомерным использованием магии определяет совершение волшебства несовершеннолетними с помощью особого заклинания, наложенного на несовершеннолетних волшебников, возможно, сразу после рождения или после окончания первого курса в Хогвартсе. Эта особая магия называется «Надзор», и заклинание снимается, как только волшебнику исполняется 17 лет.
6. Административные службы Визенгамота — Верховного суда правосудия волшебников.

Уровень 4. Отдел магических происшествий и катастроф.
Этот отдел отвечает за устранение вреда, нанесённого случайным волшебством. Включает в себя следующие подразделения:
1. Группа аннулирования случайного волшебства: это группа волшебников, обязанностью которых является устранение последствий «случайного волшебства», как то магия детей, ещё не умеющих контролировать свои способности, или магия взрослых волшебников, не подчиняющихся закону. Сюда же относятся «побочные» эффекты некоторых заклинаний, вызванные непреднамеренно, например, «расщеп» при трансгрессии.
2. Штаб-квартира стирателей памяти: стиратели памяти — это сотрудники Министерства магии, обязанностью которых является изменение памяти маглов, ставших свидетелями событий магического происхождения.
Любой волшебник может произвести изменение памяти с помощью заклинания Забвения. Однако подобная практика не одобряется Магическим Сообществом, так как многие полагают, что модификация памяти должна производиться исключительно стирателями памяти.
3. Комитет по выработке объяснений для маглов: данное подразделение занимается выработкой объяснений магических происшествий, которые не могут быть исправлены с помощью магии или воспоминания о которых не могут быть полностью удалены из памяти маглов. Также Комитет создаёт объяснения происшествиям, которым сами маглы не могут дать объяснения. Например, в третьей книге раскрывается, что Питер Петтигрю убил 12 маглов и разнёс целую улицу огромным взрывом во время сражения с Сириусом Блэком. Очевидный вред, нанесённый Петтигрю, Комитет объяснил взрывом газопровода.

Уровень 5. Отдел регулирования магических популяций и контроля над ними
Отдел занимается вопросами, связанными с различными магическими существами. 
В состав Отдела входят Управление по связям с гоблинами и кентаврами. Однако кентавры, предпочитая не иметь с волшебниками никаких дел, ни разу не связывались с этим Управлением с момента его основания. Поэтому в Министерстве фраза «быть переведённым в Управление по связям с кентаврами» означает, что волшебника собираются уволить.
Отдел включает в себя следующие подразделения:
1. Подразделение зверей
2. Подразделение существ
3. Подразделение духов
4. Управление по связям с гоблинами 
5. Консультационное бюро по борьбе с вредителями
6. Управление по связям с кентаврами
7. Бюро регистрации и контроля вервольфов
8. Бюро по розыску и контролю драконов
9. Бюро распределения домовых эльфов
10. Комитет по избавлению от опасных существ

Уровень 6. Отдел международного магического сотрудничества
Основной целью Отдела является налаживание международных контактов и привлечение волшебников всех стран к сотрудничеству.
По характеру своей деятельности Отдел международного магического сотрудничества схож с «магловским» британским Министерством иностранных дел и по делам Содружества, с той лишь разницей, что в мире волшебников нет эквивалента понятию «Содружество», и Отдел создан с целью обеспечения сотрудничества магов, в то время как его «магловский» аналог не преследует таких возвышенных целей.
Отдел международного магического сотрудничества включает в себя:
1. Международный совет по выработке торговых стандартов
2. Международное бюро магического законодательства
3. Британский филиал Международной конфедерации магов 

Уровень 7. Отдел магического транспорта
Этот отдел отвечает за различные вопросы, связанные с магическим транспортом и включает в себя следующие подразделения:
1. Руководящий центр Сети летучего пороха: Подразделение отвечает за установку и поддержание Сети каминов, а также за распространение летучего пороха. Сеть летучего пороха состоит из каминов, находящихся во всех волшебных домах, связанных между собой. Сеть позволяет перемещаться из одного камина в другой благодаря магическим свойствам летучего пороха.
2. Сектор контроля за мётлами
3. Портальное управление
4. Трансгрессионый испытательный центр: Является магическим аналогом Агентства по лицензированию водителей и транспортных средств Соединённого Королевства. В этом центре выдаются лицензии волшебникам и колдуньям на право трансгрессии.

Уровень 8. Отдел магических игр и спорта
В состав Отдела магических игр и спорта входят следующие подразделения:
1. Штаб-квартира Британско-ирландской лиги квиддича
2. Официальный клуб игроков в плюй-камни
3. Сектор патентов на волшебные шутки

Уровень 9. Атриум
Атриум представляет собой длинный зал с «паркетным полом, отлакированным до блеска». На синем потолке Атриума появляются и исчезают различные золотые символы, представляя таким образом некую доску объявлений. В стены зала встроено множество каминов, позволяющих сотрудникам Министерства перемещаться с помощью летучего пороха из дома на работу и обратно.
Посреди Атриума расположен фонтан Волшебного братства, украшенный золотыми статуями волшебника, ведьмы, кентавра, гоблина и домового эльфа, установленными в центре круглого бассейна. Статуи волшебника и колдуньи расположены в центре группы, а другие «низшие существа» смотрят на них снизу вверх с обожанием. Такая ситуация весьма далека от реальности, так как кентавры, считая себя намного более разумными существами, нежели люди, предпочитают не иметь с ними ничего общего, и гоблины тоже плохо ладят с волшебниками; «убедительно выглядел только приниженно-подобострастный эльф-домовик.» В экранизации пятого романа фонтан выглядит несколько иначе, чем он описан в книге. Фонтан разделён на два бассейна, со статуей волшебника в одном и остальными существами в другом. Табличка возле фонтана гласит, что все брошенные в него монетки передаются больнице Святого Мунго.
Недалеко от фонтана рядом с золотыми воротами расположен пост охраны, через который проходят посетители Министерства. Золотые ворота ведут в другой зал, поменьше, где расположено около двадцати лифтов, позволяющих перемещаться по всем уровням Министерства.

Уровень 10. Отдел тайн
Отдел тайн занимается изучением различных загадок, но практически вся работа Отдела засекречена. Немногие сотрудники Министерства знают, что на самом деле находится в этом Отделе. Волшебников, работающих в Отделе тайн, называют невыразимцами. Так как деятельность Отдела тайн является засекреченной, это подразделение Министерства магии напоминает реально существующие ЦРУ и СИС, работа которых также держится в строгой секретности от простого населения. Однако сотрудники Отдела тайн скорее являются учёными, стремящимися постичь источники и законы магии.
Так, очевидно, Отдел работает над разгадкой тайн смерти, времени, мыслей и любви, а также записывает и хранит все когда-либо сделанные пророчества.
Отдел тайн состоит из следующих комнат:
1. Комната Путей: Как только все двери в ней закрываются, стены начинают вращаться, тем самым сбивая находящихся в ней с пути и заставляя забыть, в какую дверь они вошли. Возможно, эта техника является своеобразной охраной от тех, кому быть здесь не положено. Если вслух произнести место, в которое нужно попасть, откроется соответствующая дверь.
2. Комната Разума: Описывается как длинное прямоугольное помещение, в центре которого расположен аквариум с зелёным раствором и плавающими в нём мозгами. 
3. Комната Смерти: Большая прямоугольная, тускло освещённая комната. По кругу комнаты расположены ступеньки, ведущие вниз, образуя подобие ямы. На дне ямы на каменной платформе расположена древняя, покрытая трещинами арка, проём которой закрыт чёрным колышущимся занавесом. Возможно, за занавесом расположен вход в загробную жизнь, и некоторые могут слышать шёпот, доносящийся из-за занавеса (возможно, те люди, которые видели смерть).
4. Комната Времени: В этой комнате находятся многочисленные часы всевозможных видов, а также маховики времени, позволяющие носителю вернуться назад в прошлое на заданный промежуток времени. Также в комнате находится искрящийся хрустальный сосуд, внутри которого всё постепенно становится моложе и моложе, а затем также возвращается в исходное состояние. Процесс этот идёт бесконечно. 
5. Комната Планет: Описана как тёмная комната, в которой парят планеты Солнечной системы. Посетители комнаты также начинают летать в воздухе.
6. Запертая комната: Это комната в Отделе тайн, которая всегда закрыта, и её нельзя отпереть ни заклятием Алохомора, ни волшебным отпирающим ножом. 
7. Зал пророчеств: Представляет собой огромное помещение с высоким, как в соборе, потолком, уставленное бесконечными рядами стеллажей, на полках которых хранятся пыльные стеклянные сферы — магические записи пророчеств. Они защищены с помощью магии, поэтому снять пророчество с полки может лишь хранитель Зала пророчеств, либо тот человек, о котором сделано это предсказание. Остальные, если возьмут пророчество с полки, сходят с ума. Если сфера с предсказанием разбивается, заключённое в ней пророчество произносится, после чего она становится бесполезной.

Уровень 11. Залы суда

Уровень 12. Тюрьмы
На этом самом нижнем этаже держат преступников до отправки в Азкабан.

Схема на которой можно проследить связи между чиновниками Министерства а так же Председателем Визенгамота и Президентом МФМ, которые не входят в структуру Министерства.